分子生物学名词解释

1、3’-、5’- 1、viroid

2、A C T G 2、PSTV

3、Melting Temperature 3、prion PrPc PrPsc

3、Spontaneous Mutation 4、scrapie

4、Transition Transversion 5、allele

5、Hotspot

6、Modified bases

7、Denaturation renaturation（annealing）

1、DMD 1、shot-gun approach

2、DHFR 2、linker

3、Translocation 3、TdT

4、5’UTR 3’UTR 4、Saccharomyces cerevisiae

5、Globin 5、s

6、Rubisco 6、gene amplification

7、transformation

1、plasmid λ-phage cosmid 1、PLoS

2、GATA 2、redundancy

3、Genome 3、biochip

4、Genetic map（linkage map） 4、SAGE

5、Genetic polymorphism 5、DD法

6、SNP 6、EST

7、Genetic markers 7、HDA

8、SSR PAPD AFLP 8、RACE

9、Genomics TRanscriptomisc Proteomics 9、mtRNA

1、gene family 1、cistron

2、Alu family 2、tRNAfMet

3、VNTR（STR） 3、PABP

4、globin 4、RRF

5、cryptic satellite 5、RF

6、buoyant density

7、DNA fingerprinting

1、U D I A 1、trans-acting factor

2、Suppressor 2、cis-acting elegent

3、Chaperones 3、structural genes

4、Self-assembly 4、CRP

5、Protein translocation 5、ReIA

6、SRP 6、idling reaction

7、Translocon 7、ppGpp pppGpp

8、TRAM 8、alarmone

9、TOM TIM TOC TIC SecYEG Sec61 9、stringent response

10、Pores NPC 10、attenuation attenuator

11、Proteasome 11、microRNAs

12、E1、E2、E3 12、RNAi RNA silencing

13、Coding strand 35 hexamer 13、siRNA RISC

10 hexamer intrinsic terminator 14、lytic infection

Lysis prophage lysogeny integration episome plasmid

Induction of prophage immunity of phage

OR、PRM、clear plaque、PR/OR、PL/ OL、

tR1、tL1、cI、cro、N、PR

15、Crown gall disease，Ti plasmid ，Opine

Nopaline plasmids，Agrobacteria，octopine plasmids，agropine plasmids

Ri plasmids，Chimeric，teratoma

1、3′—end and 5′—end：DNA或RNA单链带有游离3’-羟基或其磷酸酯的一段叫做3’端；DNA或RNA单链带有游离5’-羟基或其磷酸酯的一段叫做5’端。

2、A、C、T、G：Adenine,guanine,cytosine,thymine

3、Melting temperature：熔解温度，指DNA变性过程中通过加热，有一半双链被分解或形成单链时的温度。

4、Spontaneous mutations:在自然条件下发生的突变叫做自发突变或自然突变。

5、Transition：转换是基因突变的一种，指一种嘧啶被另一种嘧啶代替、一种嘌呤被另一种嘌呤代替，G-C<=>A-T。

Transversion：颠换是基因突变的一种，指异型碱基的置换，即嘌呤被嘧啶代替或相反，A-T<=>T-A或G-C<=>G-C。

6、Hotspot：突变热点是突变发生频率高的位点或重组频率高的那些位点。

7、Modified bases ： 修饰碱基或稀有碱基，指除了那些在 DNA(A、T 、 G、C)、 RNA( A、 U 、G、C) 合成时的四种通用碱基之外的一些碱基，由核酸合成后修饰产生。

9、Hybridization：杂交，指RNA 和 DNA 链互补配对形成 RNA-DNA 杂合链的过程。

8、Denaturation：变性，指DNA或RNA加热从双链转变为单链的状态。

10、Renaturation(annealing)： 复性（退火），DNA 双螺旋分子变性后的互补单链再结合成双链的过程。

11、Viroid：类病毒，是没有蛋白外壳的环状小分子单链RNA感染因子，能引起高等植物基因序列的甲基化，从而导致转录的失败。

12、PSTV: 土豆纺锤体管状病毒 (potato spindle tuber virus) ，为比较典型的呈梯状的类病毒，其RNA是一个裸露的闭合环状单链RNA分子。

13、Prion：朊病毒，是一种蛋白质样感染因子，不含核酸但表现出可遗传的特性，能引起人等哺乳动物的中枢神经系统病变。

PrP：朊病毒相关蛋白（prion related protein）。

C PrP ：是人等哺乳动物的身体中存在的正常存在的细胞形式（c是细胞型的缩写），可被蛋白酶完全水解。

PrP

SC：是朊病毒相关蛋白的致病形式(sc是瘙痒症的缩写)。

PrPsc蛋白和PrPc蛋白和是同分异构体，一级结构相同,但PrPsc比PrPc具有更多的β折叠,使得其溶解度降低，对蛋白酶抗性加强，从而被蛋白酶水解，从而致使大脑细胞代谢异常致病。

14、Scrapie ：羊瘙痒病，是最早发现的朊蛋白病。

15、allele：等位基因，指位于染体同一位置分别控制两种不同性状的基因。

16、Gain-of-function mutation：功能获得型突变，表示使蛋白质获得新的活性(或功能)，性质显性的。

Null mutation：无效突变，表示基因的活性完全消失，因为该基因已被删除。

Loss-of-function mutation：功能丧失型突变，导致丢失原有功能的基因突变。即使得某一基因失活，这种性质是隐性的。

Leaky mutants：遗漏突变，突变性状表现得不完全的突变体，此突变不影响表型，功能并不是必需的。即基因仍存在部分功能，因为突变后的蛋白质存在部分活性(错义突变)，或者因为产生了少量的野生型蛋白质(无义突变)。

17、DMD：杜兴氏肌营养不良症，是人类常见的X染体连锁隐性遗传的神经-肌肉系统疾病，其病因为肌纤维中抗肌萎缩蛋白（ muscular dystrophin）缺失导致肌纤维的破坏，肌肉萎缩 ，失去肌纤维的功能。

18、DHFR：二氢叶酸还原酶（dihydrofolate reductase），利用NADPH催化二氢叶酸还原成四氢叶酸的氧化还原酶，受氨基蝶呤和氨甲蝶呤的竞争性抑制。哺乳动物的DHFR基因具有相似的构成，有较短的外显子和长度变化广泛但相对较长的内含子。

19、UTR:非翻译区（Untranslated Regions)，是信使RNA分子两端的非编码片段。

5'-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子，3'-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的前端。

20、globin：珠蛋白，血红蛋白和肌红蛋白中的蛋白质组分。血红蛋白分子由2对不同的珠蛋白组成四聚体；肌红蛋白只有1条珠蛋白多肽链。

20、Rubisco：1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶(Ribulose bisphosphate

carboxylase oxygenase)，是光合作用C3碳反应中重要的羧化酶,也是光呼吸中不可缺少的加氧酶。

21、shot-gun approach：鸟法，利用限制性酶将目的DNA切成随机性片段（将基因组DNA克隆入DNA载体，转化宿主细胞，构建基因组文库，再从基因组文库中筛选得所需要的序列或基因克隆，）再将这些片段的序列连接起来的测序方法。

22、衔接物：衔接物（Linker）,是一种用人工方法合成的DNA短片段，其上具有一个或数个限制酶识别位点，通过酶切产生粘性末端正常连接。

23、末端转移酶：末端转移酶（Terminal transferase, TdT）,是一种无需模板的DNA聚合酶，在二价阳离子存在下，末端转移酶催化 dNTP （脱氧核糖核苷三磷酸）加于 DNA 分子的 3' 羟基端。

带有凸出、凹陷或平滑末端的单双链DNA分子均可作为TdT的底物。若 dNTP

2+为T或C，此二价阳离子首选Co钴离子；若 dNTP 为A或 G，首选镁离子Mg2+。24、

Saccharomyces cerevisiae：酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)，又称面包酵母或出芽酵母，是指能将糖类转化为酒精的酵母。酿酒酵母是与人类关系最广泛的一种酵母，不仅因为它用于制作、馒头等食品及酿酒，而且作用真核模式生物（原核的模式生物大肠杆菌）。

25、C. elegans：秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans，C. elegans），是一种无毒无害、可以独立生存的线虫。其个体小，成体仅1.5mm长，为雄性或雌雄同体，有五对常染体(autosome）和一对性染体(sex chromsome），是一个染体数很少的二倍体。

26、gene amplification：基因的扩增，是指带有外源DNA片段的重组体分子在体外构成之后，导入适当的寄主细胞进行繁殖，从而获得大量的单一的重组体DNA分子的过程。

27、transformation：转化一词严格地说是指，感受态的大肠杆菌细胞捕获和

表达质粒载体DNA分子的生命过程；而转染（transfection），则是专指感受态的大肠杆菌细胞捕获和表达噬菌体DNA分子的生命过程。但从本质上讲，两者并没有什么根本的差别。无论转化还是转染，其关键的因素都是用氯化钙处理大肠杆菌细胞，以提高膜的通透性，从而使外源DNA分子能够容易地进入细胞内部。

28、Plasmid：质粒，是细菌细胞内独立于染体之外的、能自主复制的双链环状DNA分子。是DNA重组技术中的重要工具，大多数是经过人工改造或构建的，常含抗生素抗性基因。

29、λPhage：λ噬菌体，是一种温和的诱导性噬菌体，其基因组除在5'端有12个可互补的碱基外均为线性双链DNA，感染时DNA形成环状。λ噬菌体作为外源基因克隆载体可以携带较长的外源DNA片段。

30、Cosmid：粘粒（cos site-carrying plasmid），是人工建造的含有cos序列和质粒复制子的携有λ噬菌体染体黏性末端的质粒。

31、 TdT：末端转移酶（Terminaltransferase,TdT）是一种无需模板的DNA聚合酶，能够催化脱氧核苷酸结合到DNA分子的3'羟基端。

32、 GATC：同尾酶，一类识别DNA分子中不同核苷酸序列，但能酶切产生相同黏性末端的限制性内切酶

33、 genome：基因组，指单倍体细胞中包括编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。是有机体内一组完整的基因，是一种生物体具有的所有遗传信息的总和，它最终由DNA 的全序列决定。

34、 genetic map（linkage map ）：遗传图谱（genetic map ）或连锁图谱（linkage map ）是根据重组频率来确定突变位点之间的距离。这种方法需要依靠对表型有影响的突变体的产生，故其应用非常有限，而且由于重组频率并不能准确反映位点之间的物理距离，所以它不能确切反映遗传物质的物理距离。

35、genetic polymorphism : 遗传多态性，指一个基因座上有多条等位基因的现象。

36、 SNP：单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism）当比较等位基因时，其单个核苷酸的改变被称为单核苷酸多态性，从SNP 的角度来看，每一个人的基因组都是独一无二的。

37、 genetic markers：遗传标记，研究遗传性状时所的参照物。

38、①SSR:（Simple Sequence Repeat）简单重复顺序，即微卫星DNA标记；

②RAPD:（Randomly Amplified Polymorphic DNA）即随机扩增多态性DNA；

③AFLP:（Amplified Fragment Length Polymorphism）即扩增片段长度多态性；

④Satellite: 即卫星DNA（重复单位为几百-几千碱基对）；

⑤MS: Microsatellite: 即微卫星DNA (重复单位为2-5碱基对）。

Satellite DNA：卫星DNA。是位于真核细胞染体中，由许多相同或相关的短小重复序列高度串联重复而成的DNA序列区。它主要存在于染体的着丝粒部位，通常不被转录。因其碱基组成中GC含量少，与染体其他部分DNA相比具有不同的浮力密度，在氯化铯密度梯度离心后呈现与大多数DNA有差别的“卫星”带而得名。

Minisatellite：小卫星DNA。是一种存在于真核生物基因组DNA中比卫星DNA短的串联重复序列，重复序列单位长度在10-100bp 之间, 且在其重复单元之间并不存在间隔序列。

Microsatellite：微卫星DNA。它是存在于真核基因组DNA中的一种具有比

小卫星DNA更短重复单元(2~4bp)的卫星DNA，重复序列单位长度小于10 bp(一般是2-5，最多为6) ,例如真核生物染体末端的端粒就是一种微卫星DNA。

STR：短串联重复序列（short tandem repeat，STR），又称微卫星DNA(microsatellite DNA)。

VNTR：(Variable number of tandem repeat)，即数目可变的串联重复序列，又称小卫星DNA (Minisatellite DNA)。

39、Genomics：基因组学，研究基因组的结构、功能及表达产物的学科，包括结构、功能和比较基因组学等三个领域。

40、Transcriptomics：转录组学，研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。

41、Proteomics：蛋白组学，研究基因组编码的全部蛋白质的结构、性质和功能的学科。

41. PLoS：公共科学图书馆（Public Library of Science），是一个由科学家和医生组成的非营利机构，致力于把世界上科学和医学的文献作为免费资源向公众放。

42. Null mutation：无效突变，由于大片段插入、缺失或重排而导致基因产物完全无效的突变。

43. Redundancy：冗余，在同一条染体上或在不同染体上的基因组内有两个或更多个基因编码同一种或十分相似的蛋白质，这些基因中没有一个基因是必需的。

p：生物芯片，指将大量探针分子固定于支持物上后与带荧光标记的DNA或蛋白等其他样品分子进行杂交，通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息。

45. SAGE：基因表达系列分析(基因表达连续分析法)是一种新的基因表达分析方法，它能对特定细胞或组织中的大量转录本同时进行定量分析。

46. DD法：即mRNA差别显示（differential display of RNA by PCR），

是一种新的研究基因差异表达的有力工具。这个方法的主要程序是将细胞内的mRNA抽提出来，反转录成cDNA，再经PCR随机扩增， 通过在测序凝胶上电泳条带的比较筛选出不同的表达的基因，并回收这些DNA片段，经扩增后作为探针，在cDNA或基因组DNA库中扫描到相关基因。7. EST：（expressed sequence tag，EST）表达序列标签: 是指短的、单次（测序）阅读的cDNA 5’ 或3’ 端序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。一般是来自不同组织来源的cDNA序列，长度在300-500bp左右。

47. HDA：high-density oligonucleotide array (高密度寡聚核苷酸阵列)

48. RACE: 又称为cDNA末端的快速扩增 (rapid amplification of cDNA

ends,RACE) 是一种基于mRNA反转录和 PCR技术建立起来的、以部分的已知序列为起点、扩增基因转录本未知区域、从而获得mRNA（cDNA）完整序列的方法。

49. mtDNA：线粒体DNA，是独立于基因组之外的DNA，环状、并位于线粒体之中。

ctDNA：叶绿体DNA也是独立于基因组之外的 (通常是环形的) 存在于植物叶绿体之中。

51、gene family: 即基因家族，真核生物的基因组中有许多来源相同、结构相似、功能相关的基因，这样的一组基因称为基因家族，它的成员可以成簇

（cluster ）排列在一起或散布在不同染体上（或兼而有之）。基因组分析显示很多基因属于基因家族。基因簇（gene cluster ）为我们对基因组中大区域而不是单条基因的进化动力的研究提供了机遇。

52、Alu family（人类的中度重复序列即Alu序列家族） ，Alu族序列成员众多，大约有300,000个，(平均每6kb DNA就有一个)。每个长度约300bp，在其第170位置附近都有AGCT这样的序列，可被限制性内切酶AluⅠ所切割(AG↓CT)，故此得名 。无论从Alu族序列的长度还是从其重复频率上来看，Alu族序列都更像高度重复序列；然而它们不同于高度重复序列的串联集中分布 ，而是广泛散布在非重复序列之间。

54、globin：珠蛋白，是具有携带氧能力的蛋白质。

在脊椎动物体内有两种类型：即存在于血液中的血红蛋白和肌肉中的肌红蛋白。目前在神经系统又发现了第三种珠蛋白，主要存在于大脑中，因此被称之为“神经珠蛋白”。胞红蛋白(CGB)是新发现的第四种携氧珠蛋白,广泛分布于多种组织和器官.在不同种类细胞中其亚细胞定位并不相同,在结缔组织中主要定位于细胞质,而在神经组织胞核和胞质中均有分布.

55、DNA fingerprinting ：DNA指纹分析技术，即使用限制性内切酶切割每个个体的、含有短重复序列的区域后所产生的片段， 通过分析这些片段的异同而得到个体间的遗传关系。因为这些片段对于每个个体都是唯一的，任何两个个体之间所存在的这样的特殊片段可以用来定义他们之间的遗传关系(如父亲-孩子之间的遗传关系）。

56、cistron： 顺反子，即结构基因，为决定一条多肽链合成的功能单位，约 1000bp。。

单 顺 反 子 （monocistron） ：真核基因转录产物为单顺反子，单顺反子的 mRNA 只编码一种蛋白质 (单顺反子即单基因)。

多顺反子的 mRNA 可编码一种以上的蛋白质 (多顺反子即多基因) 编码单条多肽链的一个遗传功能单位，即转录单位。

57、tRNAfMet：在细菌和真核生物细胞器中， tRNA起始子携带一个氨基基团被甲酰化的甲硫氨酸，称为氨甲酰甲硫氨酸-tRNA，这种tRNA被称为tRNAfMet。

58. PABP： poly(A)结合蛋白，能够结合细胞核RNA和mRNA的poly(A)序列，许多真核生物内部有相关类型的蛋白质。

59、RRF ribosome recycling factor 核糖体再循环因子，它作用于50s大亚基，即能使大小亚基解离，而IF3依旧留下来以防止两者的再度结合。在终止反应中，完整的肽链被释放出来，但是留下的去氨酰化的tRNA和mRNA仍然结合在核糖体上，RRF可以解离结合在核糖体上去氨酰化的tRNA和mRNA。

RF release factor 释放因子，它是存在于原核生物中参与翻译终止反应的蛋白因子，它通过识别终止密码子来释放蛋白质链终止蛋白质合成。

60、 U、D、A、I：

U：尿嘧啶，RNA中的主要组成碱基之一，经过修饰可变为多种修饰碱基。

D:二氢尿嘧啶，是由尿嘧啶双键饱和所产生，环的结构发生了变化。

I:次黄嘌呤核苷酸（inosine , l ）常存在于有嘌呤生物合成途径的细胞中。然而，它并不是直接掺入RNA ，相反它是依靠RNA 中对A 的修饰而成的。对A 的修饰还包括许多复杂基团的加人。次黄嘌呤核苷可以和尿嘧啶、胞嘧啶、腺嘌呤

中的任何一种配对。

61. suppressor：抑制子是第二次突变，这种突变抵消或改变了第一次(最初)突变的效应。

62. Chaperones：可以同没有完全折叠或没有完全组装的蛋白质相结合，以帮助这些蛋白质的折叠或阻止它们的聚集的一组蛋白质。

63. Self-assembly：是描述某种蛋白质(或蛋白质复合物)的一种能力，即可以形成这种蛋白质的最终结构又没有任何额外组份(如分子伴侣)的帮助。这一述语也可指当分子接触并相互结合时任何生物结构的自发形成。

64. Hsp：热激蛋白（heat shock protein , hsp ) ，是一类重要的分子伴侣，在温度升高时，它们会大量产生，以尽量减少热变性对蛋白质的损害。

65. Protein translocation：蛋白质易位描述蛋白质的跨膜运动，跨膜在真核生物中即指跨过细胞器的膜，原核中则指质膜。蛋白质易位所通过的膜有一个具特殊用途的通道。

66. SRP：信号识别颗粒是核糖核蛋白复合物，这种复合物在蛋白质易位时识别信号序列并指导核糖体进入易位通道。不同生物的SRPs具有不同的组成成份，但所有的SRPs都含有相关的蛋白质和RNAs。

67. translocon： 跨膜通道称为易位子

68. TRAM：能与易位的新生链相交联的一种主要蛋白质，可激发所有蛋白质的易位。

69. Sec61’s function：Sec61 蛋白能形成通道，同时也能和核糖体相互作用。Sec61复合体是易位子的主要成份。

70. TOM、TIM、TOC、TIC、SecYEG、Sec61、Pores、NPC、proteasome、

TOM, TIM, TOC, TIC在转运穿过线粒体和叶绿体的每层膜时都会使用不同的受体，根据外膜和内膜的不同，在叶绿体中它们分别称为TOC 和TIC ；在线粒体中它们分别称为TOM和TIM。

SecYEG:

Sec61复合体是易位子的主要成份(包括三种跨膜蛋白即、、)。

Pores：核孔是物质出入细胞核的门户。

NPC: nuclear pore comlex核被膜上沟通核质和细胞质的复杂隧道结构，由多种核孔蛋白构成。隧道的内、外口和中央有由核糖核蛋白组成的颗粒。对进出核的物质有控制作用。

Proteasome 蛋白酶体是一种大的复合体，可降解细胞质内的蛋白质，包括一般降解（将蛋白质完全转化为小片段）和特殊的加工事件。完全降解的主要底物是错误折叠的蛋白质，这是一个最基本的质量控制系统；而少部分蛋白质的降解是一个调控事件，比如，调节细胞周期的进行。

71. Sec system’s function：

Sec系统转运蛋白质进入和通过内膜

72. El、E2、E3：泛素循环涉及三种活动：El 连接泛素，；E3 结合底物蛋白质；E2负责将泛素从El 转移到底物。进一步的循环将产生多聚泛素。泛素活化酶（ubiquitinactivating enzyme ) El ，利用ATP 将其自身通过高能硫酯键在Cys 残基与泛素C 端的Gly 相连。泛素被传递到泛素联合酶（ubiquitin

conjugating enzyme ) E2上，泛素连接酶（ubiquitin ligase ) E3 将泛素传递到底物上，与底物蛋白质Lys 残基的上氨基形成异肽键。

tin：泛素：是一种存在于大多数真核细胞中的小蛋白，是一个由76个氨基酸组成的高度保守的多肽链，分子量大约8500道尔顿，它存在于所有

真核细胞和人体内的细胞中，因其广泛分布于各类细胞而得名。它在真核生物中具有高度保留性，人类和酵母的泛素有96%的相似性。

74. coding strand： 编码链：DNA双链中含编码蛋白质序列的那条链，与模板链互补，具有与mRNA同样的序列，只是脱氧核糖被核糖代替，T被U取代。

-35 hexamer：对于大多数启动子来说，在RNA聚合酶覆盖的部分还有一个重要的区域，叫做Sextama框，其位置在-35附近，因此又叫-35序列，其一致序列为：T82T84G78A65C54A45

-10 hexamer： Pribnow框 人们发现在-10左右的一段核苷酸序列中，大多包含TATAAT 序列或是稍有不同的变化形式，如果用TATPuAT来表示，则更为适用。头两个核苷酸是TA的也占3 /4以上。这样的六核苷酸序列称为Pribnow框，由于在-10位点附近，所以又称为-10序列。

Intrinsic terminators：在体外无其他因子参与，核心酶也能在某些位点终止转录，这些位点称内源性终止子。

75. polarity：极限现象：同一个转录元里近基因(proximal gene)的一个无义突变能阻止远基因(distal gene) 的表达。

76、transacting factor：反式作用因子，指能直接或间接识别或结合在各类顺式作用元件核心序列上，参与调控靶基因转录效率的蛋白质。

cisacting element： 顺式作用元件，是指与结构基因串联的特定DNA序列，是转录因子的结合位点，通过与转录因子结合而调控基因转录的精确起始和转录效率。顺式作用元件包括启动子、增强子、调控序列和可诱导元件等。

相对同一染体或DNA分子而言为“顺式”（cis）；对不同染体或DNA分子而言为“反式”（trans）。

structural genes：结构基因，是一类编码蛋白质或RNA的基因，能编码任何RNA或除调节因子（regulatory factor）以外的蛋白质的基因。

77. CRP：CRP（cAMP receptor protein)环腺苷酸受体蛋白，是一种只有在cAMP的存在下才有活性，可被cAMP激活的正调控蛋白，可以控制多种操纵子活动。在一些大肠杆菌的操纵子中CRP协助RNA聚合酶起始转录。

78. RelA：应急因子RelA 是一种（p ) ppGpp 合成酶，约与5%的核糖体结合在一起。当A位被空载tRNA占据时，RelA被激活。一个空载tRNA进入A位就生成一个(p) PPGPP。RelA酶更倾向于以GTP 作为底物。

idling reaction：无效反应，空载tRNA位于核糖体A位时，核糖体产生pppGpp和ppGpp，触发严紧型反应。

ppGpp：鸟苷酸四磷酸核苷，在5和3位置分别含有一个二磷酸。它是应急应答产生的非正常核酸堆积物，是典型的小分子效应因子，通过结合到靶蛋白上改变它们的活性而发生活动。

pppGpp：鸟苷酸五磷酸核苷，其5位置含有一个三磷酸，3位置含有一个二磷酸。应急应答产生的非正常核酸堆积物，是典型的小分子效应因子，通过结合到靶蛋白上改变它们的活性而发生活动。

Alarmone：预警子，应急应答产生两种非正常的核酸堆积物ppGpp和pppGpp，有时称为预警子(alarmone)。这些核酸是典型的小分子效应因子(effector)，通过结合到靶蛋白上改变它们的活性而发生作用，有时它们统称为(p) ppGpp。

stringent response：应急应答。当细菌发现它们处于很差的生长环境，没有足够的氨基酸来维持蛋白质合成时，它们就会停止大部分活动，这种现象称为应急应答

79. Attenuation：衰减作用，通过控制第一个结构基因之前的转录终止，从而使细菌操纵子得到调控。

Attenuator：衰减子，一种内在终止子，能够产生衰减作用的那段终止子序列是，它为结构基因的转录制造了障碍。

80. MicroRNAs：微小RNA是可调节基因表达的、很短的RNA，可通过与靶mRNA序列以碱基互补配对原则来调节基因的表达。

：小干扰RNA（Small interfering RNA），是一种小RNA分子，双链RNA 由ATP依赖的切割而被降解为由21-23个碱基组成的寡核苷酸组成。它是siRISC的主要成员，激发与之互补的目标mRNA的沉默。由Dicer酶切割加工而成。这种短的RNA被称作短小干扰RNA (short interfering RNA , siRNA)。

RISC：RNA诱导沉默复合体（RNA-induced silencing complex），在RNA干扰中，在配对片段的中部，siRNA 指导mRNA 的切割，这些反应发生在一个核蛋白复合体中，它被称为RNA 诱导的沉默复合体。

infection：裂解性感染，子代噬菌体释放的同时引起细菌的裂解。

lysis：裂解，感染循环末期细菌会死亡即当噬菌体裂解的同时会释放感染噬菌体的子代噬菌体。

prophage：原噬菌体，是整合到溶源性细菌染体中的温和噬菌体DNA，与细菌染体一起复制，诱导后能增殖和裂解细菌。

lysogeny：温和噬菌体DNA具有整合入宿主菌染质DNA中的特性，成为与宿主菌共生的原噬菌体，能随宿主菌的染质同步复制而传给子代，这种特性称为溶源性。

Integration：整合，指一段DNA分子插入基因组DNA的重组过程。Integration sequence（整合序列），指重组载体中负责使外源DNA与载体断开并掺入宿主染体的DNA序列。

episome：附加体，是指能够整合到细菌细菌染体DNA的质粒。

Induction of prophage：原噬菌体的诱导描述由于溶源阻遏物的被破坏使原噬菌体进入裂解感染循环，通过这一过程可使噬菌体DNA从细菌染体剥离。

Plasmid：质粒是环状的、染体外的DNA，它能独立于染体进行自我复制。

Immunity of phage：噬菌体的免疫性，指原噬菌体阻止另外同种类型噬菌体感染的能力。这是因为原噬菌体基因组可以合成噬菌体阻遏物。

83、 agrobacteria：农杆菌，是生活在植物根的表面依靠由根组织渗透出来的营养物质生存的一类普遍存在于土壤中的革兰氏阴性细菌。分为根癌农杆菌（Agrobacterium tumefaciens）和发根农杆菌（Agrobacterium rhizogenes）。农杆菌通过侵染植物伤口进入细胞后，可将它们Ti质粒上的T-DNA插入到植物基因组中。根癌农杆菌诱导产生冠瘿瘤；发根农杆菌则诱导产生发状根。

T-DNA：转移DNA（transferred DNA），也叫三螺旋DNA，是指一种由三股ssDNA旋转螺旋行成的一种特殊结构。是土壤根瘤菌Ti 质粒的一部分，这部分DNA在植物被感染时会转移到植物的细胞核中。

Crown gall disease： 冠瘿病又称根癌病，由土壤根瘤菌（Agrobacterium

tumefactions）从植物伤口侵入所致。病初期出现近圆形的小瘤状物，以后逐渐增大、变硬，表面颜由浅变深褐，瘤内部木质化，数量增多。由于根系受到

破坏，故造成病株生长缓慢，重者全株死亡。

Opine：冠瘿碱，由携带冠瘿病的植物细胞感染而生成，是精氨酸衍生物。

Ti plasmid：Ti质粒（肿瘤诱发，tumor-inducing），是在土壤根瘤菌细胞中存在的一种染体外能够自主复制的环形双链DNA分子。其特定部位与植物体内DNA组合使植物细胞肿瘤化，导致它根瘤的形成。Ti质粒既有在细菌中表达的基因，又有在高等植物中表达的基因，常作为基因工程的载体。

Ri plasmids: Ri质粒是在发根土壤根瘤菌细胞中存在的一种染体外能够自主复制的环形双链DNA分子。其T-DNA区有冠瘿碱合成基因,可在发根瘤组织细胞内合成冠瘿碱，据冠瘿碱的种类,可将Ri质粒分为甘露碱型、黄瓜碱型和农杆碱型。它控制不定根的形成，可作为基因工程的载体。

nopaline plasmids：胭脂碱型质粒，是土壤根瘤菌的Ti质粒，此种质粒携带合成冠瘿碱、胭脂碱的基因。这些质粒保留着分化成早期胚胎结构的能力。

octopine plasmids：章鱼碱型质粒，和胭脂碱型质粒相似，只是它们合成的相应冠瘿碱不同，但是章鱼碱肿瘤通常没有分化，不形成畸胎瘤。

agropine plasmids：冠瘿碱质粒，携带冠瘿碱代谢的基因；肿瘤不分化，患病植物生长迟缓，死亡早。

chimeric：嵌合体，遗传学上用指以不同遗传性状嵌合或混杂表现的个体。免疫学上的涵义则指一个机体身上有两种或两种以上染体组成不同的细胞系同时存在,彼此能够耐受,不产生排斥反应,相互间处在嵌合状态。

teratoma：畸胎瘤：许多可分化的细胞，如皮肤、牙齿、骨骼和其他，一个幼胚若被转入到一成年动物的可分化细胞后将会以无组织的方式生长。

84、de novo 测序：基因组从头测序，即在无任何参考序列资料下对某个物种进行测序，从而获得该物种的基因组序列图谱。

de novo测序适用范围：

1、物种的基因组序列完全未知；

2、微生物基因组，基因组可塑性非常大，如细菌和真菌；

3、基因组序列与已知基因组序列有较大的变异，如Cancer Cell；

4、物种基因组序列已知，拼接效果不理想。

85、Reads：高通量测序平台产生的测定序列称为Reads；

Contig：拼接软件基于Reads（测定序列）之间的overlap（重叠区），拼接获得的序列称为Contig（重叠）。

Scaffold：基因组从头测序，通过测定序列拼接获得重叠后，往往还需构建454Paired-end(双末端)测序文库或Mate-pair（末端配对）测序文库，以获得一定大小片段（如3Kb、10Kb）两端的序列。基于这些序列，可以确定一些重叠之间的顺序关系，这些先后顺序已知的重叠组成Scaffold。

高通量测序时,在芯片上的每个反应会读出一条原始数据，即较短序列称为reads；很多reads通过片段重叠能够组装成一个更大的片段,称为contig；多个contigs通过片段重叠,组成一个更长的片段，称为scaffold。